Los servicios de Microbiología del Hospital Virgen del Rocío de Sevilla y del Hospital San Cecilio de Granada trabajan en un sistema de cribado por PCR y de identificación por secuenciación, basado en la secuenciación total de la muestra, que permitirá realizar un seguimiento más ágil y preciso de virus emergentes como el de la viruela del mono y contar con la confirmación de los resultados de estas pruebas de manera más rápida, sin tener que esperar a la confirmación del Centro Nacional de Microbiología. Esta información se integra en el Sistema de vigilancia epidemiológica de Andalucía y apoya las acciones de salud pública para la prevención y control de esta nueva alerta de virus emergente.
El consejero de Salud y Familias, Jesús Aguirre, ha señañado que «independientemente de que estos casos sean de obligado reporte al Centro Nacional de Microbiología, la Covid-19 nos ha enseñado lo importante que es tener en Andalucía nuestro propio sistema de alerta epidemiológica, más rápido y ágil que el nacional, que debe atender a todo el país, y que además permite preservar los datos para reanalizarlos con perspectiva».
En enero de 2021, una instrucción de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica puso en marcha el circuito de secuenciación genómica de SARS-CoV-2 de Andalucía, con el soporte del Servicio Andaluz de Salud y la Secretaría General de Investigación e Innovación en Salud que llevaba liderando un proyecto de secuenciación de SARS-CoV-2 ejecutado en 2020.
La organización de este circuito sigue siendo clave ahora ante la alerta de viruela del mono, y se basa en dos centros de secuenciación, uno para Andalucía oriental en el Hospital San Cecilio de Granada y otro para Andalucía occidental en el Hospital Virgen del Rocío de Sevilla. Estos hospitales reciben las muestras provenientes de todas las provincias andaluzas, las secuencian y posteriormente se mandan los resultados al Sistema de vigilancia epidemiológica de Andalucía y al Área de Bioinformática del sistema andaluz de salud, donde se procesan, se analizan y se envían a bases de datos nacionales e internacionales.