La causa principal de este descenso se encuentra en las plagas. En la comarca de Andújar ha existido una plaga de conejos que ha echado a perder casi una hectárea en algunos cultivos. La zona más productora de la provincia de Jaén es la comarca de Andújar, con municipios como Marmolejo, Villanueva, Andújar, Mengíbar o Lopera.
Sin embargo, a pesar de las plagas, el cultivo del algodón se está perdiendo en los últimos años por otros factores. Los reajustes que se hicieron en la reforma de la PAC ha sido uno de ellos ya que se ha reducido la superficie en Andalucía. Otro de los motivos es el poco relevo generacional que existe en el campo y también al precio que se está pagando el algodón.